Metroid : Fusion следва известния ловец на глави, Самус Аран , тъй като тя разследва експлозия в космоса лаборатория. Там тя се сблъсква с нов враг, X паразит. Тези паразити могат да възпроизвеждат всичко, което се докоснат и да те убият , ако те са убити . Самус трябва да спре на Галактическата Федерация от укриването на X паразитна за бъдещото use.Do Mother Brain или Ридли се появи в игра ?

Не. Нито герой е в играта, но и двете са споменати мимоходом от Samus и различни ретроспекции .

Са х Паразити същите като Metroids ?

Не. X Паразитите могат да ви репликират и крадат вашите спомени. Всички Metroids направите, е да смучат енергията от каквото и да докосне.